Le 1er juillet 1858, la Compagnie du Canal du Midi, propriétaire de l'ouvrage depuis le décret du 10 mars 1810, le donne en fermage à la Compagnie du Chemin de Fer du Midi et du Canal latéral. Ce bail définit les conditions du fermage établi pour une durée fixée à 40 ans. Il est dit notamment que la Compagnie est chargée en outre d'acquitter les dettes actuelles (!) et de l'administration et des travaux entrepris pour l'amélioration du canal. Durant cette époque, une part importante du tonnage transporté par le canal sera transféré sur la voie ferrée Toulouse - Sète, nouvellement ouverte. A l'expiration du bail, la loi du 27 novembre 1897 promulguera la nationalisation du canal à compter du 1er Juillet 1898.